| Sa., 28.07.2012 | SV Babelsberg 03 - SV Darmstadt 98 | 2:0 |
| Sa., 28.07.2012 | SpVgg Unterhaching - FC Hansa Rostock | 3:0 |
| Sa., 28.07.2012 | Stuttgarter Kickers - SV Wehen Wiesbaden | 0:0 |
| Sa., 28.07.2012 | FC Rot-Weiß Erfurt - 1. FC Heidenheim 1846 | 0:4 |
| Sa., 28.07.2012 | Karlsruher SC - Hallescher FC | 0:0 |
| Sa., 28.07.2012 | Kickers Offenbach - VfB Stuttgart II | 1:3 |
| Sa., 28.07.2012 | 1. FC Saarbrücken - VfL Osnabrück | 0:1 |
| Sa., 28.07.2012 | Borussia Dortmund II - Arminia Bielefeld | 1:1 |
| Sa., 28.07.2012 | Alemannia Aachen - SV Wacker Burghausen | 3:2 |
| Sa., 28.07.2012 | SC Preußen Münster - Chemnitzer FC | 1:0 |
| Sp. | S-U-N | Tore | Diff. | P | |||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1. |  |  | VfL Osnabrück | 2 | 2-0-0 | 3:0 | 3 | 6 | |
| 2. | |  | SC Preußen Münster | 2 | 2-0-0 | 3:0 | 3 | 6 | |
| 3. | |  | 1. FC Heidenheim 1846 | 2 | 1-1-0 | 6:2 | 4 | 4 | |
| 4. | |  | SpVgg Unterhaching | 2 | 1-1-0 | 3:0 | 3 | 4 | |
| 5. |  |  | SV Wehen Wiesbaden | 2 | 1-1-0 | 3:1 | 2 | 4 | |
| 6. | |  | Alemannia Aachen | 2 | 1-1-0 | 4:3 | 1 | 4 | |
| 7. |  |  | Hallescher FC | 2 | 1-1-0 | 1:0 | 1 | 4 | |
| 8. | |  | VfB Stuttgart II | 2 | 1-0-1 | 3:2 | 1 | 3 | |
| 9. | |  | SV Babelsberg 03 | 2 | 1-0-1 | 2:1 | 1 | 3 | |
| 10. | |  | Chemnitzer FC | 2 | 1-0-1 | 1:1 | 0 | 3 | |
| 11. | |  | 1. FC Saarbrücken | 2 | 1-0-1 | 1:1 | 0 | 3 | |
| 12. | |  | FC Hansa Rostock | 2 | 1-0-1 | 2:4 | -2 | 3 | |
| 13. | |  | Arminia Bielefeld | 2 | 0-2-0 | 2:2 | 0 | 2 | |
| 14. | |  | Karlsruher SC | 2 | 0-2-0 | 2:2 | 0 | 2 | |
| 15. | |  | Stuttgarter Kickers | 2 | 0-1-1 | 1:2 | -1 | 1 | |
| 16. | |  | Borussia Dortmund II | 2 | 0-1-1 | 1:3 | -2 | 1 | |
| 17. | |  | SV Darmstadt 98 | 2 | 0-1-1 | 0:2 | -2 | 1 | |
| 18. | |  | SV Wacker Burghausen | 2 | 0-0-2 | 2:5 | -3 | 0 | |
| 19. | |  | Kickers Offenbach | 2 | 0-0-2 | 1:4 | -3 | 0 | |
| 20. | |  | FC Rot-Weiß Erfurt | 2 | 0-0-2 | 1:7 | -6 | 0 | |
| Bemerkungen zur Tabelle: Je zwei Punkte Abzug für Alemannia Aachen und Offenbacher Kickers aufgrund Lizenzverstößen ab 29. Spieltag bereits eingerechnet. Ein weiterer Abzug von 3 Punkten für Alemannia Aachen nach dem 37. Spieltag ist ebenfalls eingerechnet. Die Offenbacher Kickers erhielten keine Lizenz für die folgende Spielzeit 2013/2014 und müssen deshalb absteigen. Dafür verbleibt der sportliche Absteiger SV Darmstadt 98 in der Liga. | |||||||||